Adapun tujuan dibentuknya kelembagaan penjamin mutu sebagai pendamping jalannya penyelenggaraan akademik yang memiliki orientasi budaya mutu adalah sebagai berikut :

a. Tersusun dan terdokumentasikan standarisasi mutu akademik dan non akademik IAIN Madura;

b. Berkembang dan meningkatnya standarisasi mutu akademik dan non akademik IAIN Madura;

c. Terlaksananya kegiatan audit, pemantauan, penilaian, dan pelaporan mutu akademik berkelanjutan pada semua unit layanan akademik;

d. Tercapainya layanan administrasi kelembagaan penjaminan mutu yang akuntabel berbasis teknologi informasi.